Стационарные отделения хирургического профиля:
- отделение кардио- и рентгенваскулярной хирургии;
- отделение рентгенударноволнового дистанционного дробления камней и эндоурологии;
- урологическое отделение;
- отделение микрохирургии глаза;
- нейрохирургическое отделение №1 (нейротравмы);
- нейрохирургическое отделение №2 с койками нейрохирургии для детей;
- нейрохирургическое отделение №3 (для больных с сосудисто-мозговой патологией);
- нейрохирургическое отделение №4 (для больных с поражением позвоночника и спинного мозга);
- отоларингологическое отделение;
- отделение сосудистой хирургии;
- торакальное хирургическое отделение №1;
- торакальное хирургическое отделение №2;
- трансплантационный центр;
- хирургическое отделение №1;
- хирургическое отделение №2;
- проктологическое отделение.
Стационарные отделения терапевтического профиля:
- аллергологическое отделение;
- гастроэнтерологическое отделение;
- эндокринологическое отделение;
- отделение неотложной кардиологии (в том числе для больных инфарктом миокарда);
- неврологическое отделение №1 (в том числе для больных нейроинфекцией);
- неврологическое отделение №2 (в том числе для больных с острыми нарушениями мозгового кровообращения);
- нефрологическое отделение;
- пульмонологическое отделение;
- ревматологическое отделение;
- терапевтическое отделение по обслуживанию лиц, пострадавших на ЧАЭС и лиц, пострадавших во время боевых действий;
- кардиологическое отделение по обслуживанию лиц, пострадавших на ЧАЭС и лиц, пострадавших во время боевых действий;
- неврологическое отделение №3 по обслуживанию лиц, пострадавших на ЧАЭС и лиц, пострадавших во время боевых действий.
Стационарная акушерско-гинекологическая помощь:
- отделение экстрагенитальной и акушерской патологии;
- гинекологическое отделение.
Отделения анестезиологии и интенсивной терапии:
- отделение акушерской интенсивной терапии;
- отделение нейрохирургической интенсивной терапии;
- отделение кардиохирургической интенсивной терапии;
- отделение интенсивной терапии;
- отделение интенсивной терапии новорожденных.
Госпитализация в стационарные отделения ДоКТМО проводится по направлениям врачей поликлиник №1 и №2, диагностического центра ДоКТМО, а также Республиканского центра экстренной медицинской помощи и медицины катастроф.